《樱花大战2》的故事紧接一代，发生在打倒叉丹一年后的太正14年。沉浸在一片和平之中的帝都，被新的不祥阴影所笼罩。从南美参加演习归来的主人公大神一郎，再度受命担任帝国华击团·花组队长。这次她们所要面对的敌人是以鬼王为首的“黑鬼会”，以及其手下金刚、木食、水狐、火车、土蜘蛛所组成的“五行众”。而花组方面也补充了两名新队员，来自欧洲“星组”的意大利贵族少女织姬和沉默的德国少年雷尼。在与黑鬼会的不断战斗中，一个事关帝都安危的大阴谋渐露端倪…………